Графические ускорители NVIDIA приходят на помощь ученым-биохимикам

Калифорнийский «зеленый гигант» NVIDIA решил отвлечься от бесконечной «гонки вооружений» и обратить свой взор в сторону решения научных проблем. Представители компании сообщили о выходе одиннадцатой версии программного пакета AMBER, который широко используется учеными  в исследованиях биохимических и молекулярных процессов.

Программный код новой AMBER оптимизирован таким образом, чтобы максимально эффективно использовать вычислительные ресурсы новейших графических ускорителей: Fermi (GTX 470/480), Tesla (S2050/S2070, C2050/2070, C1060/S1070), Quadro FX (4800/5800), GTX 2xx. Разработчики заявляют, что новая AMBER позволяет увеличить скорость расчетов в 100 раз по сравнению с классическими серверами, в которых вычислениями занят лишь CPU.

Профессор Суперкомпьютерного центра Сан-Диего (San Diego Supercomputer Center) при Университете Калифорнии Росс Уокер (Ross Walker) сообщил, что один графический ускоритель NVIDIA Tesla обладает такой же вычислительной мощностью, как и кластер из 512 центральных процессоров при симулировании одной наносекунды жизненного цикла 25000-атомной нуклеосомы. В более простой симуляции, например, в бенчмарке JAC, один GPU NVIDIA Tesla обеспечивает вычислительную мощность на уровне 48 ядер суперкомпьютера NSF Ranger. При помощи AMBER 11 ученые смогут ускорить процессы проверки теорий и моделирования различны процессов, благодаря высокой производительности рабочих станций с графическими ускорителями NVIDIA последнего поколения.